Nasceu em 1964. Estudou Direito. Fez o curso de cinema da Escola de Cinema do Conservatório Nacional onde foi aluno de António Reis.

Trabalhou com Paulo Rocha, Jorge Silva Melo e Vítor Gonçalves.

A sua primeira longa-metragem CORTE DE CABELO estreou no festival de Locarno em 1995. Todos os seus filmes estiveram presentes nos principais festivais de cinema internacionais, tendo recebido vários prémios.

É também professor de Realização do curso de Cinema da Escola Superior de Teatro e Cinema.

Fundador da Rosa Filmes, que produziu longas-metragens de João Pedro Rodrigues,Vítor Gonçalves, Alberto Seixas Santos, Manuel Mozos e Manuela Viegas, assim como vÍdeos de Julião Sarmento.

MULHER POLÍCIA estreou no festival de Berlim em 2003. DIÁRIOS DA BÓSNIA estreou no Festival de Busan em 2005.

O seu filme mais recente, DESTE LADO DA RESSURREIÇÃO, estreou no Festival de Toronto em 2011, e foi considerado pela Film Comment, pela Lumiére e pela revista do Museum of Moving Image do Lincoln Center como um dos melhores filmes do ano.

Entre 2014 e 2015, Joaquim Sapinho foi co-curador do ciclo de cinema Harvard na Gulbenkian – Diálogos Sobre o Cinema Português e o Cinema do Mundo, organizado em colaboração com a Fundação Calouste Gulbenkian e a Universidade de Harvard

Em 2016, Joaquim Sapinho foi convidado com Apichatpong Weerasethakul a criar uma instalação para a inauguração do MAAT, o novo museu de arte contemporânea de Lisboa. A instalação com curadoria de Alexandre Melo teve por nome Liquid Skin foi montada na Sala das Caldeiras da fábrica de eletricidade que alimentava Lisboa.

Em 2018 foi o Convidado de Verão do Museu Gulbenkian e fez uma instalação com peças escolhidas das reservas da Coleção Gulbenkian na grande nave da Coleção de Arte Moderna.