Estudou biologia na Universidade de Lisboa e, de seguida, estudou Cinema no antigo Conservatório de Cinema. A sua carreira internacional começou na quinquagésima-quarta Mostra de Veneza, em 1997, onde o seu primeiro filme (e segundo da Rosa Filmes), a curta metragem PARABÉNS!, foi premiada com uma Menção Especial do Júri. O filme leva-nos à vida de um homem que ao ser acordado pelo telefonema de parabéns da namorada no dia do seu trigésimo aniversário, descobre que está na cama com outro homem.

Em 1997 e 1998 realizou ESTA É A MINHA CASA e VIAGEM À EXPO, um documentário em duas partes sobre a família.

Em 2000 chegou O FANTASMA. A sua primeira longa metragem foi considerada uma obra de ruptura, tendo sido o primeiro filme português de sempre a retratar explicitamente a homosexualidade. Internacionalmente como parte da competição oficial da quinquagésima-sétima Mostra de Veneza, foi premiado Melhor Filme em Entrevues, Festival Internacional de Cinema de Belfort e no Novo Festival de Nova Iorque.

Em 2005, a sua segunda longa, ODETE, venceu vários prémios, entre eles uma Menção Especial "Cinémas de Recherche" na trigésima-sétima Quinzena dos Realizadores no Festival de Cannes.

Em 2009, João Pedro realizou MORRER COMO UM HOMEM, que teve a sua estreia mundial no quadragésimo Un Certain Regard, no Festival de Cannes. Conta a história de Tónia, um travesti e transexual de meia idade, que face a face com a morte, hesita na escolha de fazer a operação de mudança de sexo. Em 2007 o projecto fora já seleccionado pela Cinéfondation para o Atelier do Festival de Cinema de Cannes, quando simultaneamente, a sua curta metragem, China, China, co-realizada com João Rui Guerra da Mata, foi apresentada na trigésima-nona Quinzena de Realizadores.

Em 2011, João Pedro Rodrigues co-realiza com João Rui Guerra da Mata a curta-metragem documental ALVORADA VERMELHA, apresentada em muitos festivais por todo o mundo.